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Subject: Computer Science (provided by Thomson Reuters)
Title:
基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现
Alternative Title: parallelization of label-free protein quantification software quantwiz based on gpu
Author: 费辉 ; 张云泉 ; 王靖
Keyword: QuantWiz ; GPU ; Label-free quantification ; Proteome ; QuantWiz ; GPU ; Parallel computing
Source: 计算机科学
Issued Date: 2012
Volume: 39, Issue:6, Pages:285-288
Department: 中国科学院软件研究所并行软件与计算科学实验室;中国科学院软件研究所计算机科学国家重点实验室;中国科学院研究生院;
Abstract: QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,可很好地应用于定量蛋白质组学。实验数据的日益增大,使定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案———GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。
English Abstract: QuantWiz is a label-free quantitative software based on mass spectrometry,well used in quantitative proteomics.The increasing experimental data causes the enormous workload.Having hundreds of GFlops or even TFlops performance,GPU can speed up such compute-intensive quantitative proteomics applications.This article analyzed the software QuantWiz,to find the hotspot module of this software.Then we presented an accelerated program on GPU for this software called GPU-QuantWiz and implemented it under CUDA Framework.Statistical performance results show that the accelerated program can achieve good performance,with 9.66 speedup.Moreover,our algorithm can be exten-ded on two or more GPUs,with a good scalability.
Language: 中文
Content Type: 期刊论文
URI: http://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/14682
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基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现.pdf(968KB)----限制开放 联系获取全文

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费辉,张云泉,王靖. 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[J]. 计算机科学,2012-01-01,39(6):285-288.
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