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Title:
基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现
Author: 费辉 ; 张云泉 ; 王靖
Conference Name: 2011年全国高性能计算学术年会(HPC china2011)
Conference Date: 2011
Issued Date: 2011
Conference Place: 济南
Keyword: 非标记定量 ; 蛋白质组 ; QuantWiz ; GPU ; 并行计算
Indexed Type: WANFANG
Department: 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190 中国科学院研究生院,北 京 100190 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190
Sponsorship: 中国计算机学会
Abstract: QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件,很好地应用于定量蛋白质组学。随着实验数据的日益增大,使得定量的计算量巨大,耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力,为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。本文对QuantWiz软件做了深入的研究与分析,找到了软件性能的热点模块所在,提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz,并进行了实现。性能测试显示,在Tesla C1060上,该方案的平均加速比达到了9.66倍,得到了良好的加速效果。同时,该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上,具有良好的可扩展性。
Language: 中文
Content Type: 会议论文
URI: http://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/16330
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费辉,张云泉,王靖. 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[C]. 见:2011年全国高性能计算学术年会(HPC china2011). 济南. 2011.
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