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基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现
Author: 詹科 ; 张云泉 ; 王婷 ; 郑晶晶 ; 张鹏
Conference Name: 2013全国高性能计算学术年会
Conference Date: 2013
Issued Date: 2013
Conference Place: 桂林
Keyword: FASTQ ; 数据压缩 ; DSRC ; Pthreads
Department: 中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190 中国科学院软件研究所,并行软件与计算科学实验室,北京,100190;中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190 中国科学院计算技术研究所,计算机体系结构国家重点实验室,北京,100190;广州中国科学院软件应用技术研究所,广州,511458
Abstract:   高通量测序仪产生大量的DNA 数据,FASTQ 是存储DNA 数据被广泛使用的数据格式.对FASTQ 格式的数据进行压缩处理,能有效的节省存储空间.DSRC 算法具有压缩比高的优点,因此对DSRC 算法进行并行,能提高压缩FASTQ 格式的DNA 数据的效率.本文基于Pthreads,并行了DSRC 算法,测试结果表明,当使用4线程,加速比达到3.5.
Language: 中文
Content Type: 会议论文
URI: http://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/16564
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詹科,张云泉,王婷,等. 基于Pthreads的并行DSRC压缩算法设计与实现[C]. 见:2013全国高性能计算学术年会. 桂林. 2013.
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