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基于质谱的高性能蛋白质非标记定量软件设计与性能优化
Alternative TitleDesign and Performance Optimization of High-performance Label-free Protein Quantification Software based on Mass Spectrometry
胡泽林
Supervisor张云泉
2009-06-04
Degree Grantor中科院软件所
Degree Level硕士
Place of Degree Grantor中科院软件所
Keyword质谱,非标记定量,色谱峰,并行化
English Abstract本文介绍了定量蛋白质组学中一个较为年轻和重要的新课题:基于质谱的非标记定量。基于质谱的非标记定量技术不使用同位素标记等化学手段,而是通过对质谱原始数据的分析和处理来进行蛋白质定量。 本文对基于质谱的非标记定量技术做了概要性的调研,阐述了此技术中存在的大规模数据处理性能瓶颈问题,并进一步指出了高性能计算尤其是并行计算技术在非标记定量中应用的迫切性和必要性。 针对当前质谱数据可视化辅助分析工具共同存在的一个缺陷,即质谱数据需要全部导入内存,本文设计并实现了质谱可视化辅助分析工具MZ-Analyzer。与其它可视化分析工具不一样的是,MZ-Analyzer没有将质谱数据全部导入主存,而是通过构建外存索引提高质谱数据可视化辅助分析的性能。因此,尽管随着质谱数据量的指数性增长,MZ-Analyzer的性能仍然具有良好的可扩展性。 本文设计并实现了基于质谱的非标记定量软件QuantWiz,通过改变肽段定量的顺序,提高了定量软件的时间局部性和质谱数据缓存的命中次数。分析了QuantWiz的多种数据并行策略,设计并实现了按保留时间划分的并行QuantWiz。通过实验验证并行QuantWiz具有良好的并行效率,当进程数为32时,并行效率为63%。
Subject计算机软件其他学科
Language中文
Content Type学位论文
URIhttp://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/101
Collection并行软件与计算科学实验室 
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GB/T 7714
胡泽林. 基于质谱的高性能蛋白质非标记定量软件设计与性能优化[D]. 中科院软件所. 中科院软件所,2009.
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