| 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现 |
| 费辉; 张云泉; 王靖
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| 2011
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| 会议名称 | 2011年全国高性能计算学术年会(HPC china2011)
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| 页码 | 1-6
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| 会议日期 | 2011
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| 会议地点 | 济南
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| 收录类别 | WANFANG
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| 部门归属 | 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190 中国科学院研究生院,北 京 100190 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190
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| 摘要 | QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件，很好地应用于定量蛋白质组学。随着实验数据的日益增大，使得定量的计算量巨大，耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力，为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。本文对QuantWiz软件做了深入的研究与分析，找到了软件性能的热点模块所在，提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz，并进行了实现。性能测试显示，在Tesla C1060上，该方案的平均加速比达到了9.66倍，得到了良好的加速效果。同时，该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上，具有良好的可扩展性。 |
| 关键词 | 非标记定量
蛋白质组
Quantwiz
Gpu
并行计算
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| 主办者 | 中国计算机学会
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| 语种 | 中文
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| 内容类型 | 会议论文
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| URI标识 | http://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/16330
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| 专题 | 中国科学院软件研究所
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推荐引用方式
GB/T 7714 |
费辉,张云泉,王靖. 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[C],2011:1-6.
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