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| 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现 | |
| 费辉; 张云泉; 王靖 | |
| 2011 | |
| Conference Name | 2011年全国高性能计算学术年会(HPC china2011) |
| Pages | 1-6 |
| Conference Date | 2011 |
| Conference Place | 济南 |
| Indexed Type | WANFANG |
| Department | 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190 中国科学院研究生院,北 京 100190 中国科学院软件研究所 并行软件与计算科学实验室,北 京 100190 中国科学院软件研究所 计算机科学国家重点实验室,北 京 100190 |
| English Abstract | QuantWiz是一款基于质谱的非标记定量软件，很好地应用于定量蛋白质组学。随着实验数据的日益增大，使得定量的计算量巨大，耗费时间长。GPU以几百GFlops甚至上TFlops的运算能力，为定量蛋白质组学这样的计算密集型应用提供了良好的加速方案。本文对QuantWiz软件做了深入的研究与分析，找到了软件性能的热点模块所在，提出了该软件在GPU上的加速方案——GPU-QuantWiz，并进行了实现。性能测试显示，在Tesla C1060上，该方案的平均加速比达到了9.66倍，得到了良好的加速效果。同时，该方案还可以扩展到两块及以上的GPU上，具有良好的可扩展性。 |
| Keyword | 非标记定量 蛋白质组 Quantwiz Gpu 并行计算 |
| Sponsorship | 中国计算机学会 |
| Language | 中文 |
| Content Type | 会议论文 |
| URI | http://ir.iscas.ac.cn/handle/311060/16330 |
| Collection | 中国科学院软件研究所 |
| Recommended Citation GB/T 7714 | 费辉,张云泉,王靖. 基于GPU的非标记定量软件QuantWiz并行化实现[C],2011:1-6. |
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